内蒙古科学技术研究院设 10个内设机构，其中综合管理机构5个，研发机构(研究所) 5个: 

(一)办公室。

(二)人力资源部。

(三)科研管理部。

(四)财务资产部。

(五)合作交流部。

(六)生物技术研究所。

(七)矿产资源利用与冶金研究所。

(八)先进材料与能源研究所。

(九)先进制造技术研究所。

(十)产业发展战略研究所。

内蒙古科学技术研究院下设所属公益二类事业单位1个：
内蒙古科学技术研究院产业技术创新中心（内蒙古自治区技术研究院检测实验中心）